度过渡的分裂割据局面。
其中，在西藏西部，建立了历时较久的阿里地方政权；甘肃中部的六谷部以及青海东部的唃厮啰部首领，曾受中央政权的册封，并发展了汉藏两族间的茶马贸易。
而在其余藏族地区，政治上逐渐出现了许多为地方豪族所把持的实力集团；经济上逐渐成了许多以个体小生产为基础的自给自足的居民点，交换有了一定的发展；早已从印度和汉地传入的佛教，吸收了藏族地区原始宗教本教的某些内容，受到了人们普遍的信奉，并逐渐形成为一种教派遍布各地的地方宗教，即所谓的藏传佛教。
藏传佛教的传播和发展，渗透到藏族人民生活的各个领域，寺院上层人物往往和当地豪族紧密结合，产生了新兴地方势力统治下的政教合一制度。
元朝把藏族地区的分裂局面统一在中央王朝的统治之下。中央设置宣政院（初名总制院），管理全国佛教事务及藏族地区军政事务，以西藏萨迦教派第五世祖师八思巴为帝师并兼宣政院事。在藏族各聚居区分设三个宣慰使司都元帅府，分别管辖西北、西南各省藏族地区和西藏地区，并在乌思藏（指阿里以东的前、后藏地区）设置了十三万户府，派员前往清查户口，建立驿站，厘定赋税。由中央颁发封地文书肯定各地封建领主对所属庄园的占有，封赐印信诰命以确立各级官吏的职权，史称元朝“郡县土番之地”，这是中央正式在西藏官建制的开始。明、清两代对藏族地区的施政，就是在元朝旧制的基础上发展起来的。
明朝对西北、西南藏族地区，基本承袭元朝统治管理的办法，对西藏地区退行“多封众建”政策，先后分封三大法王和五大地方之王。同时，通过朝贡
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