用汉官为其办理具体事务时，却在每一机关都分派一名蒙古正员监临，并配置一名权位相同的古代风景画鉴赏回回官员为同知进行防范和牵制。正是在这种思想指导下，至元二年，忽必烈正式颁布了“以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回人充同知，永为定制”的决定。并在至元五年，果断地罢去了诸路女真、契丹、汉人为达鲁花赤者。而回回、畏兀、乃蛮、唐兀人仍旧。从此，回回人在政治上的重要性增加，地位有所提高，中央的实权渐渐落入回回人阿合马手中，引起了后来元朝政局的一系列矛盾和倾轧。
李璮的叛乱增加了忽必烈对来自汉人世侯离心倾向的疑虑，鉴于北方黄金家族内部人心也十分不稳，忽必烈审慎地处理了与李璮事件相涉的人和事，“他总的原则是：在迫使这些地方军阀交出实权（特别是军队），消弭是以产生李璮一类叛乱的基础的前提下，既往不咎，而且根据情况与需要，继续任用以拉拢汉人官僚；同时，利用这一形势，因势利导，进行政治改革，加强中央集权”。
忽必烈加强中央集权的阻力除来自蒙古贵族的抵制外，也受到汉地割据势力的阻挠，李璮之乱的迅速彻底平定，为忽必烈解除汉人割据势力提供了契机。为了补救自己的失误，维护个人及其家庭的利益，表示对蒙古大汗的忠诚，汉人武装头目、丞相史天泽首先提出：“兵民之权，不可并居一门，行之请自臣家始。”即日，史氏子侄解兵符者十有七人。其余如史氏的姻亲、武卫亲军指挥使李伯佑以及东平严氏（严忠济兄弟）、满城张氏（张柔父子）、济南张氏（张荣父子）等也效法史氏所为，忽必烈则采取大事化小，小事化了的态度，对前事既往不咎，对他们
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