86年），元世祖起用桑哥理财，任为平章政事。他更改钞法，发行至元钞，财政危机好转。于是升任尚书右丞相兼总制院使。桑哥继而清理江南钱谷，增加赋税、盐课，引起天下骚动，起义不断发生。公元1291年，桑哥被杀。
边疆政策西藏和中原的联系，源远流长。当窝阔台次子阔端于公元1239年派遣道尔率兵进驻吐蕃后，喇嘛教萨迦派领袖萨班于公元1247年以66岁的高龄，应邀与阔端会晤。
通过协商，代表西藏地方势力同蒙古建立了宗藩关系，派员向蒙古呈献了贡礼，西藏正式归蒙古管辖。
宪宗三年（公元1253年），萨班之侄喇嘛教萨迦派法王八思巴在六盘山会见了忽必烈。忽必烈即位后封八思巴为国师，并派他担任总制院的第一任长官。总制院后更名为宣政院。公元1279年八思巴卒，元世祖又追封他为大元帝师。元朝中央机构所设的宣政院，“掌释教僧徒及吐蕃之境而隶冶之”。
元朝政府在西藏设立乌斯、藏、纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，有都元帅、宣抚、安抚、招讨等使。乌斯即前藏，藏即后藏，纳里速古鲁孙即阿里三部。当时把前后藏分为13个万户，万户长以上的官吏由中央直接任命。此外，还在西藏设置驿站，调查户口，征收赋税，屯戌军队。总之，从元朝开始，西藏地区已正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。
元世祖即位后，在云南设置了行省。行省之下，还设置了路、府、州、县。又设置若干军民总管府。元世祖派回回人赛典赤赡思丁为第一任云南行省的最高长官“平章政事”。此后云南和内地的联系也更加密切。
元代，
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