汗国领地，于至元五年（公元1268年）发动叛乱。被击败后，他又和察合台汗的孙子笃哇勾结在一起，骚扰火州（吐鲁番高昌故城）。
至元二十四年（公元1287年），海都又煽动东部诸王后裔乃颜、势都儿、哈丹等人发动叛乱。元世祖闻讯后，亲率两路大军前往镇压，消灭了叛乱势力。
元世祖在平定东北诸王叛乱后，设置了辽阳行省，并在叛王封地内置万户府，用以削弱藩王的权力。这时海都在西北仍不断骚扰，公元1289年7月，世祖已经74岁，仍决定率兵亲征。海都闻讯远逃。世祖去世时，海都已被逐出阿尔泰山之北。公元1302年，海都败死。公元1306年，海都子察八儿投降，西北诸王的叛乱，至此全被平定。元世祖运用军事上的胜利，使中央集权进一步加强，这对巩固多民族国家的统一，起了一定的积极作用。
阿合马、桑哥事件元世祖对内镇压诸王叛乱和人民起义，对外穷兵黩武，因而财政拮据，迫切需要理财之臣。花刺子模人阿合马、汉人卢世荣、畏兀人桑哥就是元世祖宠信的三个理财能手。
中统三年（公元1262年），阿合马任诸路转运使，他兴办铁冶，增加盐课，获得大利。忽必烈升他为中书平章。阿合马恃功骄傲，安插亲信，诬陷异己，为皇太子真金和其他大臣所恶。至元十九年（公元1282年），益都千户王著和高和尚等，假借皇太子的名义将阿合马击杀。
阿合马死后，元世祖又命卢世荣为中书右丞。卢世荣上任后，提出改革钞法、制定市舶条例等措施。元世祖很宠信他，但其他官僚纷纷上章弹劾，不到一年，卢世荣被杀。
至元二十三年（公元12
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