化解了一难。但是此后，大臣们也和皇帝渐行渐远了。
乾宁二年，李茂贞又指使宦官杀死了另一个宰相崔绍纬，再次移师长安，皇帝被迫逃往河东去寻求李克用的庇护。而走到半路时，却被李茂贞的盟友，华州刺史韩建追上，韩建恐吓皇帝说：“车驾渡河，无复还期。”于是挟持皇帝于乾宁三年七月十七抵达华州，堂堂一国之君就这样被大臣幽禁了将近三年，期间皇室宗亲覃王嗣周，延王戒丕，通王滋，沂王禋，彭王惕，丹王允，及韶王、陈王、韩王、济王、睦王等十一人被杀，直到乾宁五年。
这一年朱温占据了东都洛阳，局势发生了重大变化。这导致李茂贞、韩建和李克用建立暂时的联盟，他们决定宁可让皇帝回到长安，也不能让他落到朱温手里。于是李晔在乾宁五年的八月回到长安，同时宣布改元“光化”，以资庆祝。
一回到长安，在宦官和官僚们之间的旧有矛盾又引起了另一场危机。以中尉刘季述为首的宦官垂死挣扎，进行最后的抗争，他们策划废黜昭宗，拥立太子。光化三年（公元900年）十一月，宦官们实现了他们的计划，将昭宗关在了他最熟悉的少阳院，为了防止昭宗逃跑，甚至熔铁浇在锁上，彻底封死去路，每日的饭食则从墙跟挖的小洞里送进去。
但是宦官们害怕李克用、李茂贞和韩建等人会兴师问罪，就将包袱抛给了朱温。而朱温并不想在残酷的宫廷政治中使自己陷得太深，相反他派人将实行政变的宦官们一个一个都暗杀了，于光化四年拥立李晔复位，李晔于是改元天复，加封朱温为东平王。
而李茂贞听说李晔复位，特意从凤翔赶到长安，厚颜无耻的请求加封歧王，无功受禄，显得异常
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