浙海水师另外还下属崇明镇守府、大衢山镇守府、三都澳镇守府和龙骧军第一师，其中龙骧军第一师第一旅驻宁波、第二旅驻嘉兴、第三旅驻太仓、师统制部和师直属团哨驻松江。
负责福建、东宁、潮州沿海及东沙、中沙、南沙并纳闽、长岛诸海域巡航的闽台水师下属第三、第四巡洋舰队、第五巡航舰队、第六巡航舰队、第四信报船队、第二军输船队、第四军输船队和纳闽分遣队。
其中第三、第四巡洋舰队与第一、第二巡洋舰队一样各编制三个标准巡洋舰分舰队；第五、第六巡航舰队则各辖三个标准巡航船分舰队；第四信报船队下辖两个标准信报船分舰队；第二、第四军输船队各辖三个标准军输船分舰队；纳闽分遣队则由上述各部抽调舰船、人员组成，负责纳闽、长岛、南沙、中沙等北婆罗洲附近海域巡航任务。
闽台水师另外还下属海坛镇守府、金厦镇守府、澎湖镇守府、南澳镇守府、纳闽镇守府和龙骧军第三师，其中龙骧军第三师主要驻扎在东宁地区，另有一个团左右的兵力日常轮戍纳闽地区并协助纳闽镇守府、纳闽都护府震慑文莱苏丹国，确保各世袭都总管控制北婆罗洲。
负责广东、广南、琼州、安南、越南、金兰、占城、真腊、暹罗、呔泥、凌牙门、坤甸等海域巡航的西洋水师是原三洋水师中唯一得以保留原来名字的，其下除下辖的珠江内河舰队、金兰舰队湄公河分舰队等内河舰队、分舰队外，该水师还下辖第五巡洋舰队、第二巡航舰队、第三信报船舰队、第五军输船舰队、第七军输船舰队、金兰舰队、海峡舰队。
其中第五巡洋舰舰队同样编制三个标准巡洋舰分舰队；第二巡航舰队则下辖四
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