责外蕃和外国往来事务的总理蕃洋列国事务衙门，由税务衙门、警政衙门、总理蕃洋列国事务衙门派员共同负责的海关衙门，负责国库的国库衙门，负责铸印货币的货泉衙门，有陆军部、水军部、盐铁部、度支部共同派员管理的马政衙门，负责医政和官方医疗的太医院，负责内外章奏和臣民密封申诉之件的通政院。
至于隋唐以降历朝历代都设置的翰林院以及郑克臧试图仿效法国科学院设立的格致院，这一次都没有被纳入幕府当中，同样情况的还有詹事府、钦天监。
以上各部设从二品的尚书和从三品的侍郎各一员，部下设司，司设从四品郎中一员和从五品的员外郎各一员，司下设科，每科有从六品的主事一员，从七品的从事两员，正八品至从九品的书办若干员。除了上述人员以外，部司还有正四品、正五品的巡官各一员，正六品和正七品的巡官若干员。其中尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事均留京办公，巡官除承担分担部务以外还要出差地方。另外，部有负责部务的正六品左右丞各一员，司有负责协调职责的正七品司务一员，其下也有书办若干。
各衙门设正三品的会办大臣一员，正四品的协办大臣一员，其下设相当于部属司的局，局设郎中、员外郎，局下设科，科设主事、从事、书办，至于巡官、左右丞、局务也一并设置，只是各级官员的品阶均比各部要低了一等。
审官院、大审院、监察院各设正二品的正卿和正三品的少卿一员，通政院和太医院同样设置正卿和少卿，只不过通政院的正卿、少卿只有正三品和正四品，而太医院的正卿、少卿更是只有从三品和从四品。
相当于原来吏部的审官院，下设文选、差遣
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