羽翼未丰，噶尔丹明智的避免与清廷正面冲突，在出兵后半个月内便班师返回伊犁。
此后，噶尔丹在康熙十八年攻占了察合台汗后裔统治的哈密和吐鲁番，又在康熙二十年攻占卫兀尔人控制的南疆，康熙二十二年又北上攻占了安集延，康熙二十三年又征服了浩罕、那木干、玛尔噶朗、塔什干，再过一年又攻占了布哈拉、撒马尔罕，其帝国边境一直扩展到了里海西岸的广大地区。
噶尔丹在向西发展的同时并没有忘记当年避战的耻辱，时时刻刻关注着东方的局势。此时新任札萨克图汗成衮与土谢图汗察珲多尔济发生冲突，因为清廷和达赖方面的调解都宣告无效，不得不与准格尔帝国结盟。
为了不让喀尔喀蒙古分裂，不让准格尔人从喀尔喀蒙古的分裂中获得好处，康熙除了向喀尔喀蒙古各札萨克（注：蒙语执政官，清代每旗设一人，位在汗、亲王、郡王、贝勒、贝子之下，可通称为王爷）派出使臣外，还邀请五世达赖派出使者参与调解喀尔喀蒙古内乱。但清廷所不知道的是，早在康熙二十一年（1682年）二月二十五日，五世达赖就在拉萨布达拉宫突然去世，但第巴桑结嘉措决定密不发丧，对外宣布达赖喇嘛长期入定，除第巴之外不见其他任何人，但对外的信件、公告和文件依旧以达赖的名字签署。