赦免；如武库司掌司，丹阳的公公、原楚荆府布政使殷融等涉案的在职官员，父族、母族均诛，其妻妾的家族，嫡支连坐，旁支流放东洲挖矿；还有粮商万家、前首辅秦家等平民，诛全宗，妻妾婿媳的九族也一概流放伯力，男子终身为奴，女子代代为妓。其二，扫到台风尾但及时急流勇退的前曲庸伯雷家和颖都伯楚家，侥幸逃脱一死，除了雷驸马之外，统统贬为罪籍，流放马公城。其三，本次没敢犯事，但属于遗留问题之人，例如从前躲过死劫的前长宁伯杜家和前修宁侯梁家余孽，本就是罪籍，此次一并砍光了事；而不入囚陵的元姓子孙，仅留一人百两银子，不论男女，通通撵去蒲犁、塔什、怛罗斯织布种地，死活自负。最惨的是武库司掌司家小妾和袁胄身边那个内侍，赤身钉入城头，示众十日，方枭首碎尸，扔去喂狗。以上所有人家，名下的田地财产全部抄没归公，未获死罪的奴仆雇工一概扔去夔州城开山种地，并对潜逃隐匿之人发出海捕令，举报者赏银五十，协捕百两，扭送官府者可得从九品一职。
天子一怒，浮尸万里，这一下，少说要杀几千人，要流四五万人。一向执政温和周全的神宗，因为皇后重伤，首次表现出睚眦必报、暴戾独断的一面，文武百官莫不敢劝。幸而有皇后她爹顾老公爷顶在前头，拖延执行的时间，让牢里还活着的人有个盼头。
最后，病愈的皇后去了养心殿，挠了夫君掌心两个时辰，神宗才下旨让太子与大理寺、刑部、宗人府一起重议刑罚。
次日，太子联名三部和两个皇弟一起上疏建言，除元惠、元念两位的妻妾，武库司掌司夫妻，以及柯芳思和欧家三族尽诛，恳请皇帝将其余人皆改为流放，原
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