这个部门以防卫省为主体，以御门院家为主要技术顾问，花开院和麻仓等阴阳师家族为次级技术顾问，吸收的人员依旧来自于武田遗臣，以及当初真选组各番队成员留下来的后裔，属于防卫省里面的实权部门，拥有对特别物种传唤，逮捕，拘留，讯问，监禁，斩杀的职权。
近藤苍介就是当年的真选组局长近藤勋的远亲，同属一脉，少年时就在天然心里流的道场里学习，后来因为贯通某种特殊能力，而被选拔进入特别物种管理委员会。
以近藤苍介为首的特别物种行动科，最初将高岛公寓的案件当做一起人类行凶的故意杀人案。
直到《听见凶手的敲门声》这个帖子火爆网络，总部位于京都的花开院当代家主窥见到瘴气源源不断的从京都飞向东京。