枣祗在东阿期间，致力于劝课农桑，积谷屯粮。并且勤修武备，组织操练东阿军民。并将东阿城的城防工事加固修缮一新。到兴平二年(195年)，吕布、陈宫乘曹操出兵徐州之机，突然发难，袭击兖州，各郡县纷纷叛离。仅东阿、鄄城、范县三城仍然忠于曹操。吕布、陈宫占领兖州以后，派兵猛攻东阿城，因东阿城城墙非常坚固，枣祗又率军民顽强抵抗，因此东阿城始终都没有被攻下。东阿成为日后曹操反攻吕布，重夺兖州的可靠后方和军需基地。汉献帝建安元年(196年)。曹操迎献帝迁都许昌，上表汉献帝。任命枣祗为羽林监，宿卫宫中。
枣祗的最大贡献，在于他首倡实施的屯田制，为曹操解决了困扰已久的粮食问题。自东汉灵帝以后，地主阶级的残酷剥削，长期不断的豪强兼并战争，使广大北方地区的农业生产遭到严重的破坏，农村到处都是“田无常主，民无常居”的局面。不仅广大农民生活在饥饿之中，就连以抢劫来维持的地主武装也抢不到粮食，只有靠河蚌和桑椹来充饥。许多军阀，因为严重缺粮而在战争中失利。曹操在最初几年的征战中，也经常因粮食接济不上，被迫中途撤兵，放弃即将到手的军事胜利。枣祗在随曹操镇压黄巾军余部时，对起义农民亦战亦耕的兵农合一的做法发生了极大的兴趣，并从中受到了启发。汉献帝建安元年(196年)，曹操击败了颍川汝南的黄巾军，夺得了一大批耕牛、农具和劳动力。枣祗就建议曹操利用这些农具，在许昌一带开垦土地，实行屯田，以解决粮食问题。曹操采纳了他的建议，并任命他为屯田都尉，全权负责屯田事宜。
枣祗在许昌，首先将荒芜的无主农田收归国家所有，把招
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