还兼有钦差大臣的身份，有权统辖江、皖、赣、浙四省军务大权。这样，原本不属于他节制的江苏、安徽、江西、浙江四省巡抚以及各省布政使、按察使均成了他的下属。在清朝，这可是前所未有的大事。按照清朝制度，总督对文职道府以下、武职副将以下官员有奏请升调免黜的权力，正是在这样的便宜之下，大批湘军将领倚靠曾国藩进入政权机构，得任地方实职，由此掌握了一方的军事、财政大权。即便到后来曾国藩主动裁撤湘军、湘军为淮军所取代时，湘军一系羽翼已成，不但军事力量雄厚，“七八省政权，皆在掌握”，且五脏俱全，成长为完全有实力分权割据的力量。尤其是曾国藩所管辖的两江富甲全国，形成了“重地方、轻中央”的政治格局。在这样的局面下，以慈禧太后为首的清廷惶惶不可终日，视曾国藩为眼中钉、肉中刺，也就不足为奇了。马新贻升任浙江巡抚，已经是清廷要将曾国藩调离两江的前兆。
马新贻任浙江巡抚期间，讲究政通人和，积极兴修水利，修筑海塘，并奏请豁减杭嘉湖等七府浮收钱和漕米，减轻百姓负担，复兴各府书院等，在当地很有名望，颇受百姓爱戴。正因为马新贻政绩突出，次年左宗棠西征之时，便由他接任了闽浙总督。升迁速度之快，令人大跌眼镜。
此时的马新贻，尽管实力上远远不及，但在声势上已经如同前任左宗棠一般，隐隐然有与两江总督曾国藩相抗之意。不久，东、西捻军先后平定，清廷长松了一口气，急不可待地开始考虑督抚的调动问题，其实最首要考虑的就是如何让令朝廷寝食难安的两江总督曾国藩离开两江。经过一番商讨后，由恭亲王奕?出面，力荐马新贻接任两江总督兼南洋通商大臣，
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