宜执法，以惩积习”的道理，要求立即将柏葰正法。咸丰皇帝便不再坚持，准肃顺所请，同意将柏葰“斩立决”。
可怜柏葰素有宽厚谨慎之名，以为至多不过是流放的结果，却等来了斩首的命令。清朝自立国以来二百余年，从无公开处斩宰相之例。此举如同晴天霹雳，不但令柏葰本人震惊，也令朝野侧目。
午后三时，柏葰被押赴北京南城的菜市口行刑，由户部尚书肃顺和刑部尚书赵光监斩。肃顺看到柏葰的囚车到来后，喜笑颜开地迎上前去，说：“七哥来早。”（《清稗类钞》）然后立即升座，催促用刑。柏葰被立即斩首，同考官浦安、兵部侍郎李鹤龄、新中试刑部主事罗鸿禩也被同时斩决。擅改朱卷的同考官邹石麟被革职，永不叙用。副主考户部尚书朱凤标则被革职，未及一年，旋复起用。
当时，柏葰朝中同僚、门生、故吏不但不敢为其求情，甚至没有一人到刑场奠别。刑部尚书赵光还庆幸地说：“此次科场之案，未令刑部会审，予幸以为幸焉。”可见朝野对肃顺一党畏惧到何等地步。只有时在江南镇压捻军的钦差大臣胜保自军中上疏，为柏葰求情，其中有“罗网弥天，衣冠扫地”之语，暗指柏葰为肃顺所陷害。肃顺与胜保遂成死敌。但胜保远在前线，且统领重兵，肃顺也无法轻易加害。后来肃顺一党与慈禧太后争权，胜保迫不及待地倒向慈禧太后一边，在铲除肃顺一党中起到了极为关键的作用。
柏葰不仅是终清一朝唯一一名因科场案被处死的一品大学士，也是中国自实行科举以来，因科场舞弊而被处死的职位级别最高的官员。
柏葰等四人被杀，戊午科场案并未就此终结，案情还在进一步发展中。之前，
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