此时，曹寅的密奏再次送到，说“此案亦有未妥，人心不能悦服”，张鹏翮如此潦草了局，在江南声名大损，人人说其糊涂徇私，而其人竟然不等案情了结，便已经动身前往福建，导致扬州民心不定，议论纷纷。康熙皇帝感到如果按照二审的结论结案，尤其是只处置清名在外的张伯行，而放任胡作非为的噶礼，实在难以向江南民众交代，于是下诏斥责张鹏翮等人“掩饰和解，瞻徇定议”，下令撤换张鹏翮、赫寿，而改派户部尚书穆和伦、工部尚书张廷枢前往江南，令其务必严加审明。
到了这个时候，前往江南的钦差要调查的重点已经不是科场案，而是督抚互参案。康熙皇帝的本意，只要保全张伯行，大致处罚一下噶礼，令江南人心稳定下来就了事了。然而，穆和伦、张廷枢却没有弄清“圣意”，也不愿意得罪噶礼和两位前任钦差。二人一到江南，不但不立即问案，还立即派人前去找张伯行说和，以噶礼“党众”为由，劝他向噶礼低头。但张伯行却依旧坚持己见，给了两位新钦差一个大钉子。
两位新钦差商量来商量去，最终决定大做表面文章——一连十几天，轮流提审科场案的人犯，煞是热闹，大有要明察秋毫、伸张正义之意。但结果一出来，还是叫人大失所望。