。在内外交困的处境下，内心虚弱的顺治皇帝决意大开杀戒，拿江南科考案来立威。不仅相关案犯受到了严厉处罚，刑部尚书图海、白元谦，侍郎吴喇禅、杜立德等人也被顺治皇帝迁怒，被认为审理江南科考案玩忽职守，冠以“谳狱疏忽”的罪名，予以革职或降级的处分。
至此，这桩轰动一时的江南科场案，在涉及南北党争、江南社事之争、清廷有意打压江南士子兼之宫廷内部争斗的复杂背景下，最终以许多人的家破人亡落下了帷幕。
但丁酉科场案还没有就此结束，南北闱科考案案发后，弹劾考官成了时髦之举。刑科给事中朱绍凤弹劾河南正、副主考黄、丁澎用墨笔填改考生笔迹，违反了考场规定，礼部也发现山东同考官袁英等人违犯成例而提出纠举，另有举报陕西考官唐赓尧批改试卷时也有违法行为。对这些官员，顺治皇帝只是给以了革职的处理，没有牵连其家属，更足以说明其在江南科场案中大举屠刀，是刻意针对江南士子。
顺治十六年（1659）闰三月初三，吴兆骞、方章钺以及方章钺的父亲方拱乾、兄长方玄成等一干人被同时押送起行，踏上了前往流放地宁古塔的艰难历程。
宁古塔比之前顺天科考案犯的流放地尚阳堡更远。尚阳堡（一作上阳堡）在今辽宁开原县东四十里，满语称为台尼堪（“尼堪”是满人对汉人的称谓）。宁古塔在今黑龙江宁安县内，清初其地尚未开化，行人皆视为畏途。罪犯徙居尚阳堡，犹有屋宇可居，至者尚得活命。而徙居宁古塔的罪犯，有的走至半路即被虎狼所食，或被野人所吃，得生者甚少。当时，只有谋逆大罪中的相关人犯才流徙宁古塔。可以说，被判流放宁古塔，就相当于被判
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