阁制的实行，袁世凯唆使内务总长赵秉钧和财政总长熊希龄等人进行公开抵制。赵、熊等在国务会议上竭力反对划清总统府与国务院地权限，主张事事奉令承教于大总统；反对国务院为有机政体，主张各国务员可“单独行动”，不必固守国务院的成议。讨论各项政策，他们也决然与各同盟会阁员立于对立地位。到后来，赵秉钧索性经常不出席国务会议，有关内务部公事。直接向袁世凯报告，根本不把唐绍仪放在眼里。
但袁世凯的压迫并没有使唐绍仪完全屈服。例如，在政府用人问题上，他仍旧主张“贵新不贵旧”，非万不得已，“决不可以延用旧人”。有时和袁世凯争得太厉害以至于使袁气急败坏地说出“我们没几天好做的，这个位置早晚要让给你们地。”将唐绍仪划入到同盟会一边，唐这才大吃一惊，知道袁世凯对自己起了猜疑。
插手众议院议长的任命，让袁世凯最终确定了唐绍仪跟自己非是一路人，尤其是看到他竟然联合同盟会众议院在参议院驳回了自己的任命。他任命的内阁次长张元奇的离职更是令他感觉到自己似乎被唐绍仪扇了一巴掌，让他感觉这个大总统的威严荡然无存。
袁、唐之间的冲突终于以借款问题为导火线而公开爆了。早在袁世凯就任大总统之前，他便通过朱尔典的关系联系上了四国银行团，商议借款的事情了。后来先后又有国家加入，因为他的地位不断的稳固，从洋人手中他先后的接到了数百万的借款，只不过大都用于编练他的北洋新军，只有极少数最后到了财政部，又从财政部中挤出来一部分给唐绍仪使用。而这些钱对于一个迫切想要有所作为的内阁总理来说实在是太少了！
于是唐绍仪最终绕开
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