总统，大本营仍然为自己所控制。
当然，由于何福光要兼顾两头公务，最高参谋总长之下另设北方统x联席会协助管理。由甘肃、陕西、山西、热河、直隶以及东北三省各省选派一名高级参谋长组成十二参谋长席位，吴绍霆任命联席会议长，议长相当于副参谋总长，负责在参谋总长不在时打理参谋本部的所有工作。
参谋本部辖下练兵处和军事安全局，前者负责北方第一集团军和北方第二集团军的新兵训练工作，后者则是北京大本营专属的安全机构，不仅搜集所有需要的情报工作，同时还进行反间谍、刺杀等特殊任务。吴绍霆决定让吴佩孚来负责这两个部门，吴佩孚不仅早年有谍报经验，同时也是难得的治兵人才，再合适不过了。
除此之外，吴绍霆还私人出资在大本营开办一所军事学堂，以速成教学为主，主要培训参谋人才和特务人才。为了保证这所军事学堂的保密性，他没有为学堂命名，不过在大本营总务处的档案里设置了一个代号，是为“狼穴”。
为了协调各部之间的工作，吴绍霆总统行营开设“天幕”作战室，旨在各部核心成员保持密切联系和互动，最大化的增加各部办事效率。自此之后，中华民国南北两大作战室逐渐形成对全国军事力量的细分掌控。
卷六：大国战 第750章，南京消息
随同吴绍霆一起北上众多官员当中，还有青岛司令部派驻中国国防部的联络军官团，他索性将德国军官团留在北京大本营，一则更方便协调针对援助青岛的战略工作，二则也能避人耳目。这些军官团之前是以外聘军事顾问的身份留在国防部，虽然这种掩护已经足够应付很多谣言，可毕竟欧洲局势愈发紧张
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