然科目，都列入到经济特科里面去，而正式的科举，还是以应试作文为主，而文章的命题、内容可以按照商毅的意见，放开内容，针对时事。
但商毅则坚持认为，自然科学是任何学问的基础，本质上就是经世致用、匡时济民之学，虽然说不能要求每一个人都成为专业技术的精材，但一些基本的自然科学常识，还是应该掌握，说简单一点，如果一个人不会基本的数学知识，基本的物理常识，常见的天文知识等等，又如何如制定对国家有用的政策，因此在科举中引进一定份量的自然科学题目，是完全有必要的。另外商毅也知道，只有把自然科目的内容加入科举，才会逼得读书人去学，那怕是填鸭式的死记硬背，也能普及基本的自然知识，至少在现阶段，也算是一个进步。
不过商毅也承认，王夫之的考虑也有道理，毕竟传统的习惯不是一下子就容易改过来，科举是以论策文章优略来评定取士，己经维持了一千余年，因此商毅也修正了自己的构想，可以将料举分成两部份，把自然科目和论策文章分开来考，自然科目必须要合格，而科举的排名，也就是状元、榜眼、探花等的选定，还是根据文章的优劣来评定。
见商毅己经做出了一定的让步，王夫之也不好在多说什么，而且商毅这样的安排，也不算不合理，虽然科举是以论策文章为主，但并不是只考文章，也会考一些其他内容，在唐宋的时候，还会考诗赋，帖经、墨义等等，因此将自然科学的内容加进来，也说得过去。
内阁的其他成员对此也没有太多的异议，一来众人都清楚，现在的科举制度确实应该改一改了，而且众人也都很清楚，以商毅的作风，既然拿出了这样一份方案，就表
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