这股呼声强压了下去。一面又以皇帝福临的名议，下罪己诏。
随后多尔衮又得知，商家军在攻占了南京之后，正在占领江南的湖南、江西两地，并且和南明各朝廷发生了冲突，心里也大为放心，看来商家军还没有北伐的意图，而且如果商家军进一步和南明各朝廷发生恶交，说不定会把商毅的注意力吸引到南方去，这对清廷当然是一件好事。
但清廷下一步将做何打算，如果商毅真的和南明恶交，清廷是选择坐山观虎斗，还是出兵联合一方，而且引伸一下，清廷的最终目标，是满足于现在南北分治，还是仍然要统一天下，多尔衮现在也心里也没有一个准主意，论行军打仗，多尔衮确实不比皇太极差多少，但论大的战略眼光，高瞻远瞩，定策决断，多尔衮也不得不承认，自己拍马也赶不上皇太极。而且在这方面，满旗重臣也帮不上多尔衮多少忙，因此只能依靠汉臣。
多尔衮首先找范文程商议，而范文程建议，最好是先招回洪承畴，一来是了解一下前线俱体的情况，二来也是听一听洪承畴的想法。多尔衮也从其言，下旨招洪承畴回京面对。
就在这时，又传来消息，商毅在南京对清军进行公审，将六千多清军，连同多铎等十余名高级将领持行枪决，同时还在《杭州时报》上发表了一份充满了示威口气的发言，这个举行也让多尔衮大为震惊，同时也感到一阵心寒，一来是没想到商毅会这么狠，二来商毅这明白着是向清廷挑畔，表示他根本就没有把清廷当一回事，想杀就杀，丝毫不留情，就好像过去清军杀汉族人一样。