洪承畴被调回北京受审，也表示清廷己经正式承认这一次南侵彻底失败，在短时间内，恐怕也无力在对南方发动新的攻势了。
而商毅也在南京立刻又下令，将对在南京战役中，俘虏的多铎、屯齐等清廷满州人员进行公开审判处决。
其实所谓公开审判不过就是走个过场，重点是在后面处决上，因为谁都知道，商毅决不可能给这些俘虏们有辩解的机会。而这一次商毅处决的，可不仅仅只是少数的清廷官员，而是在这次收复南京战役中抓获的所有满州士兵，一共是五千六百三十七人。
商毅是经过后世的思想，并不是一个喜欢杀戳的人，在以前的战斗中，对于抓获的俘虏基本都不会杀戳，就是满州士兵，最多也就是扔到矿山去当苦力，让他们自生自灭。像这样大规模杀俘，绝对是第一次。而这一次之所以这么大张旗鼓的处决俘虏，而且还十分高调的大搞公开审判，完全是出于政治上的目地。
一方面商毅十分清楚，现在的清廷，在本质上还是一个耕战一体的半渔猎游牧民族，并还没有完成封建化和向农耕民族的转变，在骨子里依然还保留着渔猎游牧民族特有的悍勇、尚武性格，崇尚强者，而轻视弱者的心理。由于在此前二十多年里，清廷对明朝一直保持看军事上的胜利，因此在满人的骨子里，都十分轻视汉族人，其实在另一时空里，清廷征服中国的方式其实很简单，就是暴力，对于汉族的抵抗力量，釆取的就是屠杀殆尽的手段，动辄屠城，抵抗得越狠的地方，也被清任杀得越凶。
尽管商家军在军事上，对清廷己经取得了不小的胜利，但现在的商家军毕竟还不是一个正试的政权体系，虽然拥有强大的军力，但在威摄
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