鼓励全军的士气，商毅也觉定立刻赶到石城门，向第一个攻入南京的十八团，授于绣有“南京团”字样的旗帜，鼓励他们继续努力战斗，夺取全面的胜利。并且将做好的数百面绣着“收复南京、活捉多铎”的旗帜分发到各部队中，基本毎个营都有一面。
当然在俱体的战斗中，部队可以分为两批，轮流进攻休息，弹药将由民夫直接送到南京城来，让士兵们就在战场上补充，立刻发起新的进攻。而城外阵地的接管肃清工作，也由民夫来完成。并且还组织了十万多名民夫，分散在南京城周围，准备搜找和抓捕清军的零散漏网败兵。
而在俱体的战术布置是，第三军从神策门向南推进，占领钟鼓楼，而第二军从石城门向北攻，先攻克清凉山和小五台山，然后与第三军汇合，将南京城内分为西北和东南两段，再逐步清扫，而第一军从正阳、通济、朝阳三门进军，进攻皇城，而这一次雇佣兵团也将进入南京城参战，由第一军指挥，进攻皇城，同时商毅又下令，将作为预备队的第七军也调来随时准备加入战斗。
虽然经过了连日的激战，商家军的各部队确实都十分疲惫了，但由于连续的胜利，这时全军的士气都极为高涨，因此商毅的命令传到各军，同时又把旗帜发给毎支部队之后，士兵们也都抖擞精神，立刻整装出发，重新投入战斗中。
清凉山和小五台山是南京城内的两座小山，分别位于清凉门、石城门内偏西的位置，两山相隔并不远，也是清军在南京城中的两个重要的防守据点。第二军的任务就是首先攻取这两座小山，然后向南京城的纵深发展，与第三军在钟鼓楼前汇合。
这次担任突击的，是刚刚被商毅授于南京团旗帜的十
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