命令长江舰队出击，向清军的水军发动进攻，彻底封锁南京段长江的江面。
同时又命第三军驻守镇江，第一军和第七军联合出兵，进攻宁国府，第二军也抽调兵力，进驻和州，准备渡江攻击太平府，对南京形成彻底的合围之势。
商家军夺取了镇江府之后，长江舰队就驻汨在仪真到高资镇一带，对南京虎视眈眈。而清军的水师在上一次战败之后，也退守进龙山船场，这时清军在龙山船场里还有一百五十多艘战船，另外在九江鄱阳湖一带，还有约二百余艘战船。不过现在清军的水军都不敢再出击向商家军进攻，而且全部采取守势。但商家军因为等待北方的消息，也没趁势再发动进攻。
同时商毅和黄震等人经过开会讨论，又下令调海军部第五分舰队进入长江口作战，以增援长江舰队的战斗力。因为长江舰队目前也隶属于海军部，而且黄震现在还是海军部的副统领，因此这样的兵力调动，以及在指挥上都并不存在什么问题。
接到了商毅的命领之后，黄震也立刻下令，长江舰队出击，向南京发动进攻，这一次进攻，仍然是以长江舰队的第一分舰队为先锋，指挥官何滨将舰队分为两队，第一队有三级巡洋舰一艘，四级驱逐舰七艘，五级护卫舰四艘，共计十二艘战船，首先向龙山发动了进攻。
自从洪承畴和多铎联名向北京发回公文之后，洪承畴离开南京，继续到黄州督战，而多铎暂时还留在南京，静观局势的变化，镇江被商家军收复之后，虽然这时多铎和洪承畴都还不知道清廷己经打算放弃南京，但也能意识到，现在南京的局势确实很危险了，于是也开始做好南京失守以后，清军退守到武昌府的准备。这一点到是和多尔衮
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