战部的商议，商毅在十一月一日向各路商家军的部队下令，第二军由太平州出发，沿长江进军，经江宁镇、大胜关向南京东面进军，驻扎莫愁湖以北，攻击石城、清凉、定淮三门；第一军由建平出发，经由溧水、秣陵关，到南京南边的聚宝山驻扎，攻击聚宝、通济、正阳、朝阳四门；第七军暂时留驻宁国府，为总预备队，并且阻当南方的清军救援南京。第三军也从镇江出兵，到达南京东北玄武湖一带，攻击神策、太平二门。长江舰队将分为两路，分别策应第二军和第三军，从长江上下游向南京的金川门一带发动进攻。
这一次各路人马分别从水陆两路出击，对南京形成四面围攻之势，直接进攻的兵力就达到十三万左右，预备队还有二万七千多人，也就商家军成立以来，在一次战役中投入兵力最多，而且与清军进行最大规模的战斗。
自从南京失守之后，商毅就没有亲临第一线指挥作战的经历了，因为经过了几年战斗的历练之后，现在商家军各军指挥官都有十分丰富的临阵指挥经验，完全可以独当一面。而且现在的战争也分了好几个战场进行，商毅要对整个战局进行全盘考虑，也不能把精力都放在某一个战场上。因此坐镇杭州，全盘指挥才是商毅应该出任的角色。
但这一次收复南京的战役，商家军一共出动四个军加上一支水军，各军之间要进行协同作战，必须建立一个统一的指挥部才行，而各军的兵力虽然有多有少，但在在级别上都是平等的，因此也只有商毅才能胜任总指挥一职。而且尽管有飞鸽传书，但如果是在杭州控制指挥，仍然不能及时了解战场情况，并做出应对命令，毕竟战场的局势，只有在第一线才能最清楚。因此商毅也决定在
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