不着洪承畴来重新编整，而且这里的关纟也错综复杂，洪承畴也不愿意去趟这滩混水。收降的明军不仅人数众多，而且来源也十分复杂，而且各将手下的兵力也不相等，有多有少，不过洪承畴下令将其全部打乱，然后重新分组整编。
洪承畴将降军一共为八镇，四大四小，以刘良佐、刘泽清、左梦庚、金声桓四人为大镇，每镇拥兵一万五千人，土国宝、刘进忠、王得仁、郝效忠四人为小镇、每镇一万人。这样一样各将的兵力都拉平了，不会有特别突出的。
在兵力的分布安排上，洪承畴在江北布置了十万人马，由贝子满达海坐镇归德府，全面指挥江北的军务，另外还有阿山、谭泰、佟图赖、石廷柱满汉各两名固山；而在南京一带布置十二万左右的兵力，由多铎在南京坐镇，手下有屯齐、尹拜图、刘之源、金砺。以及蒙古各旗等人。其余的人马都作为机动兵力。
同时又命山东的阿巴泰，派遣一部份人马驻守兖州，牵制商家军在鲁南的兵力，减轻自己在江淮一线的压力。
而在文治方面，洪承畴委任申朝纪出任河南巡抚，吴景道任河南布政使；张文衡为淮安府知府，兼授淮安道；金之俊为凤阳府知府，兼任淮安巡抚；马之先为武畕府知府，兼任湖广巡抚，刘清泰任湖北布政使；秦世祯为江南巡按，佟岱为江南布政使，付责管理各地的民政事务，安抚民众，蠲免钱粮、恢复生产。并且下令各地驻军均不得扰民。
同时洪承畴又向湖南、江西、安徽各省发檄进行招抚，只要是向清军投降，原官、司均可留任，并不念旧故。并且又严令耿仲明、尚可喜等人，凡事主动向清军归降的各州府县，均不得侵挠劫掠，当以安抚为主。
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