目地并不是要击败商家军的水军，只是阻止搔扰商家军从长江支持湖北战区就行了。
这一点在目前来说，洪承畴相信清军还是做得到的。而且商家军的船队虽然强大，但主要是海船，能够在长江中航行的战船并不多，海船和江船的区别，洪承畴当然是清楚的。因此在长江里，清军的船只绝对数量要出商家军多，同时还占有上游之利，这一点有长江中水战，是十分有利的。龙山水战之败，大部原因是清军不熟悉水战，而且战术不对的缘故。
于是洪承畴也下令，将清军所有的船只按大小进行重新编组，并且仍然将龙山船厂做为水军的前线基地。不过洪承畴也不敢大意，只是在龙山船厂里驻守三百多艘船只，其余的船只仍然停泊在池州一带。同时达继续在长江沿岸征集各种船只，并且命令各造船厂也都继续为清军生产新船。
然后洪承畴又在湖广、江淮等地招筹渔民充任水手，并从汉军中选拔精通水性，并且会操舟的士兵编成水军进行训练，制造水战的武器，积极的备战。
不过就在清军正在积极准备的时候，商家军却主要出击，分从水旱两路，向南京发动了进攻。
第四卷 纵横篇 第五十一章 正面强攻（一）
洪承畴到达南京之后的种种措秩，商毅在杭州也都了解得十分清楚。
以前清军有一个很大的弱点，就是江北、江南指挥不统一，虽然阿济格和多铎是亲兄弟，不致于互相拆台，但毕竟没有一个全权负责的人，江北、江南往往都是各自为战，也给了商家军从容应对的机会。而现在阿济格北返，洪承畴和多铎都在南京坐镇，清军也形成了一个统一的指挥部，这样一来江北、江南协同作战的
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