英亲王阿济格，才能决定，不过却要求各官员不得妄自行动，并且准备好各种户籍、文案、府库等等名册清军，然后听候指令。
众官员听了之后，心里也都稍稍有些安心，虽然还没有见到阿济格，但屯齐的态度还算不错，至少也算是一个好的开始，因此也各回各自的衙门，招集各衙门其他官员也在报道聚集，大家一起清点人员文件、府库的物资，只等着阿济格的招见。同时又命清军把六部九寺十三衙门全都看守起来。
但打从众官员开始忙碌起，南京城中的枪炮爆炸声音就一直响个不停，显然是商家军还在与清军激战。而众官员的表情也不尽相同，有人面带冷笑，不时还说几句什么不自量力、螳臂当车之类的话；也有人面带羞愧，不住的哀声叹气；还有人面无表情，对外界的反应一概无视，装没听见。
只有户部郎中刘成治听说众臣齐降的消息，慨然道：“国家养士三百年，难道就无一忠义之人以报朝廷？”然后持笔题壁：“钟山之气，赫赫洋洋；归于帝侧，保此冠裳。”掷笔于地，然后自缢殉国。
在南京之战开始之前，被罢职的东林众人中，黄宗羲、黄震周、方以智、陈贞慧、冒避疆等年轻一些的人员都先后离开南京，但候恂、钱谦益等老官僚不甘心就此沉寂下去，还留在南京等待时机。
不过因为候、钱二人名望颇大，赵之龙等人降清之后，立刻被人来招他们两人，一同投降。
钱谦益得知南京城破之后，也一度长吁短叹，大哭不止，爱妾柳如是曾劝他自杀殉国，以死全节，表示忠贞之心。钱谦益思索再三，终于点头同意，决定共投莲花池，那知老钱刚刚步入湖中，水湿鞋袜，立刻就缩了回来，道
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