毅当然知道，这一次胜利仅仅也只是起到鼓舞士气，安定人心的作用，并不能从根本上改变目前的大局，保卫南京的任务，依然十分艰巨。首先下令，命李定国带领九师，驻扎在石城门外的莫愁湖畔，而黄得功部驻扎在正阳门外的山川坛边。聚宝门只留一个步兵旅驻守。
然后商毅又找到史可法和吴甡，把自己守卫南京的计划也原原本本都告诉给他们，当然隐瞒了玄皇教的存在，只说自己打算分兵两部，保卫南京城。不过请他们暂实不要把这个作战计划泄漏出去。
史可法和吴甡虽然对商毅的这个计划并不完全理解，因为在他们的意识里，守城就是要把敌人拒之在城门之外，如果让敌军攻入城中，城池也就被攻破了，但他们都是见过大阵仗的人，也知道现在的局势，并不会因为朱家营一胜而改变，而且基于对商毅的信心，同时两人也确实拿不出什么好办法来，因此现在也只能选择相信商毅了。
得到了史可法和吴甡的同意之后，商毅也立刻在南京城中开始布置起来。
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屯齐在朱家营败阵之后，人马退守到大胜关里，好在是商家军只追到了关前，就立刻撤军了。这也让屯齐总算松了一口气，不过现在他也不敢轻易率军出击，只好守在大胜关里，然后派人给阿济格送信。
接报之后，阿济格也十分吃惊，这时清军的江南人马主要都聚集在池州府和太平府一线，正准备逐步清扫应天府的外围地区，也全面进攻南京作准备。而刚刚收到了回报，觉罗巴哈纳率军已经攻取了宁国府，但发现在广徳州有明军驻守，因此没有继续进军。而现在商家军己经在南京城中驻守，看来顺利的时候己经过
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