队从九州岛岛返回琉球岛的时候，尚贤也带着琉球王朝的全部大臣，到码头迎接，那架式就好像是在迎接一位女皇一样。
虽然战事己经结束，但还是有许多善后的工作需要处理，因此舰队还不能马上转回杭州。
首先是要确定，萨摩藩的势力是真的完全退出了琉球群岛。亚莉桑德拉派黄震带领第三分舰队，去巡视奄美诸岛，督促萨摩藩尽快撤离，以免留下后患。
其次是从萨摩藩抢来的这些东西和人口，分配到台湾的有三万多妇女和一万多男子，至少也需要分二次才能全部运完，而带回到杭州的，还有一万多名妇女，和绝大部份的物资钱财，另外还有三千多来自台湾的士兵，亚莉桑德拉决定，先把台湾的人口运走，然后再将剩下的人口物资一起带回杭州。而台湾士兵留下两千人，驻守琉球，以半年为期，轮流驻守。
运抵台湾的日本人中，工匠和男人将集中参加基隆煤矿的开釆工作，一边开釆一边学习汉语，而女人将首先接受必要的汉语训练，达到能够使用汉语进行一定的简单对话，简单的表达自己的意思，然后分配给移民台湾的单身男人，组成家庭。
接下来就是整顿琉球王朝，在刚刚攻占琉球的时候，曾经将首里的亲日派势力整顿了一次，而这次就是针对地方上的亲日派势力。
当然商家军对琉球的内部事务并不熟，也不分不清楚到底谁是亲明派、谁是亲日派，但亚莉桑德拉却祭出殖民者屡试不爽的以夷治夷手段。先任命在清理亲日派时有出色表现的郑充中为国相，执撑琉球王朝的朝政，蔡锦、金应元为长史、吉时逢、翁镇为议政大夫，这些人自然都是亲明派的大臣，另外最早投降的两名琉球军韩建
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