就被罢官免职，逐出了南京。而南京的朝廷暂时由吴甡和钱谦益主持。并且传告南方各地，指明马士英是奸党，死有余辜。
但南京的乱局却并没有随着马士英和阮大铖的失势而结束，各方势力纷纷明争暗斗，互相指责别人是奸党，自己是君子，最后的结果是大打出手，而且都雇佣了一批地方帮派做打手，再加上一些地痞流氓，无业游民也是趁火打劫、混水摸鱼。
结果吴甡和钱谦益根本就控制不住局面，结果一连十余天，在南京城里几乎天天都有打架群抠的事情发生，甚至有人会公然抢劫一些店铺酒楼。死亡人数己经达到千余人。而且死的人不仅仅是百姓，己经有十余官员，都在这场动乱中丧命了。
同时公文发送到各地之后，也引起了不少哗然，毕竟马士英己经当了一年多的首辅，提拔了不少人，而且围绕在他身边，也形成了一个利益集团，在中枢的基础被打下去了，但在地方上还有不少是马士英的同党，因此也都议论纷纷，而守卫南京周边的两员大将黄得功和刘良佐更是直接上书南京，质问马士英的死因，就是有罪，也该由朝廷来定罪处置，不该私下处决呀。
这一下东林党又都紧张了起来，因为黄得功、刘良佐是和马士英一起拥立朱由崧继位的，因此可以算是马士英一党，而且这两人现在就驻守在南京边上，合计兵力也有十几万，如果他们要为马士英报仇，也学左良玉来个清君侧，立刻就能兵临城下了。
而就在这时，江淮大捷的消息也传到了南京，尽管局势混乱，但这个好消息也使南京全城欢滕，商毅的名望固然是再一次提升，而且在朝中一直支持商毅的吴甡，和在扬州督师的史可法也跟着声望大涨，再加
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