上、郡邑之间是非得失，一切有闻不谈，有问不答，一味勤修讲学”。
凡此种种，都说明东林书院最多只是一个“学术团体”，只是为学问而学问，竭力远离政治纷争。可是，清朝人在编写时，竟然给东林书院戴上了一顶“讲习之余往往讽议朝政，裁量人物”的“高帽子”，从而误导了后人，以至于一些人把东林书院误解为议论时政的讲坛。对此，美国学者贺凯“一针见血”地指出：
“明末东林运动的失败，代表传统儒家价值观念与现实恶劣政治势力斗争的一个典型，他们是一支重整道德的十字军，但不是一个改革政治的士大夫团体。”
不过，虽然顾宪成以“桃花源中人”自居，在东林书院潜心学问，不再过问时政，但是“树欲静而风不止”，政治还是找上了他，麻烦恰恰来自他的好友李三才。
李三才，是明朝后期罕见的“干才”。早在万历二十七年，他就以都察院右佥都御史的身份先后出任漕运总督、凤阳巡抚，政绩卓著。万历三十六年，内阁大学士朱赓病逝，补充阁员成为朝廷的“当务之急”。这时，一些官员认为，李三才是一个“理想”的阁员人选。
可是，朝廷里派系林立，互相倾轧，李三才这种既有声望又有才干的封疆大吏，当然不受某些权贵的欢迎。为了阻止他入阁，内阁大学士李廷机指使工部郎中邵辅忠出面弹劾李三才，无中生有地给李三才勾画出一副“贪官”的嘴脸，并将这个问题“上纲上线”：
“一时只知有三才，不知有陛下，主上势孤，党与日甚。”
同时，御史徐兆魁也跳出来，在“结党营私”的问题上大做文章，“含沙射影”地指出：李三才
第二百五十二章 保全性命(4/9)