炮台已经被摧毁，第三分舰队驶入金门水道，准备从背面攻击一番小金门岛炮台。
在大小金门水道间，有福建水师金门协战船十八艘，台湾协战船四十九艘，每艘船载炮数门，共有大炮221门。这些战船，本来有掩护炮台侧翼的任务，可就在刚才英军炮击之时，不知道是不是吓傻了，居然呆在港内一动不动。
直到第三分舰队突入金门水道，这些清军水师战船才如梦初醒，纷纷起锚迎敌。
就在清军的师船起锚的时候，英军第三分舰队已经展开了战列线，将金门水道拦腰截断。
台湾协在协台坐船的带领下冲向英舰，招来劈头盖脸的一阵开花弹。六船倾覆，十余船着火。
其他的船只见势不妙，梭巡不敢进，船上有兵丁往后望：“金门协怎么还没有上来？”
却见金门协大小船只，纷纷向北逃去。
台湾协剩下的船只，不待协台发号施令，也纷纷掉转船头，升起风帆，就着西北风，逃出了金门水道，然后转帆行桨，逃往厦门。
清军船小，在金门水道这狭窄的区域内，倒也灵活。等英国海军解散战列线，清军的师船已经跑远了。
远东第三分舰队毫不耽搁，在金门水道中向着小金门岛炮台打了几炮，发现距离太远，炮击效果实在不好，便顺着风驶出金门水道，来到小金门岛的南面，依着先前的办法，从侧面开始轰击。
就在第三分舰队在金门水道内炮击清军师船的时候，斯科尔斯上校已经带着皇家步兵第二十六团登陆了，直接包抄大金门岛南炮台的背面。
让斯科尔斯上校感到惊讶的是，步兵们试着放了几下排枪，端着刺刀往前冲，炮台守军却一
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