直接下昭狱，暗地里折磨，而是先带到午门扒了裤子，排排在那儿一起打板子，然后才将差不多已经被折腾得半死不活、奄奄一息的他们下了昭狱。
当然这其中不是没有‘耿直’的官员，叫嚷着要联合众大臣，一起上书，一起向皇帝禀明卫所的锦衣卫草菅人命，为虎作伥。当然了，这些此时此刻还不忘打嘴炮的士大夫们根本没讨得好，刚一开口，就被以凶残著称的锦衣卫们用散发着恶臭的臭袜子堵了嘴。
锦衣卫们一边打着板子，一边大声用白话向周围围观百姓宣读他们所犯罪行，末了打完板子后更是无私向周围围观百姓提供白菜帮子和臭鸡蛋，乐呵呵的看着周围围观百姓将这群当众光屁股的士大夫们砸得满面桃花开。
如此一来，士大夫们所求的美名自然在百姓们口口皆传下变成了臭名。士大夫们不想挨了廷杖后，还被如此‘污蔑’于是接着闹。但可惜他们的举措都被一一镇压，即使有聪明者想借用天下舆论翻身，也让魏忠贤先一步采取杨令月给出的广而告之的提议而宣告失败。至此，东林党人的结局，已无悬念。
天启三年六月，魏忠贤训斥吏部尚书赵南星结党营私，包庇杨涟、左光斗、高攀龙等人。赵南星心灰意冷，自取头上乌纱帽，辞职回家种红薯去了。至于东林党领袖之一，内阁大臣叶向高，为了让他也回家种红薯，魏忠贤干脆采取无赖的方法，暗中吩咐手下安排地痞流氓跑到叶向高的府邸大吵大闹。叶向高不甘其扰，最后也只得辞职回家。
叶向高一走，另一位与他私交甚好也是东林党的韩旷害怕魏忠贤将下一个朝他动手，也紧随其后辞职了。
明朝内阁设立于明建文四年，乃是皇帝的咨政
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