，八思巴到佛教圣地五台山朝拜，成为第一个朝拜五台山的藏传佛教领袖人物。元中统元年（公元1260年），八思巴受封国师，“授以玉印”，任中元法主，管理全国的佛教事务。
同时，根据道路情况，设置驿站，保证道路的畅通，为元朝中央政府对西藏地区的有效控制和施政，奠定了坚实的基础，也沟通了西藏与祖国内地的经济文化交流。
至元元年（公元1264年），八思巴以国师身份兼领总制院事，管理全国佛教及藏区事务，成为中央政权的藏族高级官员。二年返藏，为元朝在西藏建立地方行政机构。建立起藏族史上著名的政教合一政权——萨迦地方政权。该政权代表元朝中央政府有效地行使着对西藏地方政教事务的管理。
六年（公元1269年）返大都（今北京），献所创制蒙古新字——“八思巴字”，颁行全国。次年升号“帝师”，加封“大宝法王”，赐玉印，统领西藏13万户。
至元十三年（公元1276年），由真金太子护送返萨迦，兴办曲弥法会，任萨迦寺第一代法王，僧俗并甩，军民兼及，此为西藏实行贵族僧侣统治之始。至元十七年（公元1280年），在萨迦南寺的拉康喇让圆寂。忽必烈追赐他为“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师”。为表彰他一生的功绩，忽必烈还在大都为他修建了舍利塔，供人们瞻仰。元仁宗时，又为他修建了帝师殿。
作为佛学大师，八思巴一生著述颇丰，有30多种，传世之作有《萨迦五祖集》。他生前还将内地的印刷术、戏剧艺术等传至西藏，将藏族的建筑和雕塑技术介绍到内地，促进了内地和西藏
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