儿王族迁到甘肃永昌。十三四世纪之交，元军退出畏兀儿及以西地区。火州（在今新疆土鲁番）成为察合台汗国东境的边城。1301年，海都率两系大军在阿尔泰山岭中的帖坚古之地与元朝交战，重创元军。但此后不久，他因病死去。中亚形势遂发生三方面的重大改变：一是由海都扶持的察合台后王都哇，在海都死后乘机坐大。两汗国之间势力对比开始逆转。二是两汗国改变与元对立的立场，以元朝承认他们在西北地区的既得权益及其政权的合法性为条件，与元朝约和。1304年，约和实现。三方共同向伊利汗朝诏告和平。这个消息，还通过伊利汗国传播到欧洲基督教世界。其三，元朝畏忌海都余威，趁察合台后王与窝阔台后王不睦，帮助察合台汗国削弱窝阔台汗国。1300年末，窝阔台系诸王曾掀起过一阵短暂的复兴活动，仍遭失败。不久，窝阔台汗国灭亡。
1310年前期，察合台汗国与元朝通使。但是不久以后，两家为瓜分交界地区的窝阔台牧地发生争执。西北战火重燃。这时伊利汗朝也采取行动，将渡阿姆河南侵的察合台军队逐回河中，由此形成东西夹击察合台汗国的形势。察合台大军再侵伊利汗境，后来在东线元军的军事压力下退兵。元朝乘这次攻势，曾将其军事布防线重新推进到畏兀儿地区，但为时不长，又复退回。
1331年，都哇之子答儿麻失里即位为察合台汗。这位有一个梵文名字的汗却放弃佛教信仰，皈依了伊斯兰教。从1330到1340年，察合台后王权威下衰，汗国逐渐形成分裂局面，中亚蒙古人也在这个过程中加快了融合进当地突厥语主体居民之中的节奏。
第七章
元朝对西藏的管理
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