旨看，乾隆对喇嘛教是不屑一顾的。但是，终乾隆一朝，皇帝对黄教领袖，一直极尽尊崇之能事。他把父亲的故府雍和宫改成喇嘛庙，以示对喇嘛教的尊崇。他对达赖和班禅提高了礼遇规格。为了迎接班禅远来，他专门在承德为班禅修建了一座规模宏大的庙宇——普陀宗乘之庙。这座庙耗资巨大，仅为其中的一座殿宇顶部镀金，就花去黄金一万五千多两。他亲派皇六子远赴内蒙古迎接，在承德的接待更是不计成本，优隆备至。
之所以如此，是因为乾隆很清楚喇嘛教对安定西藏和蒙古的作用。他多次说过“兴黄教，所以安蒙古”，“敬一人而千万悦”。他高屋建瓴，进一步树立达赖喇嘛的权威，由此拥有了确认转世活佛和任命高级教长的权力，从而牢牢地把西藏社会控制在自己手中。
但是，对于伊斯兰教，乾隆采取了完全不同的做法。他深知这一宗教的进取性，因此在回教地区大力推行政教分离，不允许宗教领袖取得世俗权力。他知道，伊斯兰教一旦实现政教合一，必然爆发强大的扩张力量，给帝国安全带来巨大威胁。平定新疆之后，他大力扶植伊斯兰世界世俗贵族伯克的力量，禁止阿訇干涉政治，高明地抑制了伊斯兰教的活力。他还十分高明地将东干穆斯林从中国西北部迁入新疆，利用他们对抗突厥语族的穆斯林，从而实现以回制回，成功地获得了新疆的稳定。即使以现代政治家的标准来衡量，乾隆对边疆问题的处理也是十分高明的。
乾隆的性格中并不缺乏善良、温和的一面，但他的本质毕竟是政治动物。对准噶尔蒙古人的屠杀，固然有泄愤的因素，更主要的却是出于长远考虑。乾隆喜欢做一劳永逸、斩草除根的事。他认为他有这个
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