使杨长知归顺孙可望后，受到孙可望的格外信任。
杨长知看出孙可望在占领云南后，日益骄纵自大，想继承张献忠秦王封号，又怕李定国等人不服，于是杨长知就经常在孙可望面前煽风点火：
“将军若能讨得朝廷秦王之封，既可威震西南，又能压服李刘两王，何等威风！”
但是呢，他又在李定国等人面前，又数落孙可望狂妄自大，独断专行，全不念手足之情，假惺惺地提醒他们要当心王府换上“孙”字大旗。
李定国这面呢？当他被派进攻安顺时，南明的威清道黄应运乘机游说：
“如果依靠大明天子的名号，再加上大将军的神武，扫清奸逆，天下有谁敢与将军为敌。”
李定国听了能不高兴吗？于是李定国和他歃血为盟，共同辅助明室，表示绝无二心。
孙可望得知此事，这是挑拨我等兄弟的关系啊，便想了计谋将黄应运处死，李定国这时心里十分厌恶孙可望，凭甚么你可以结交大明文官，我却不行？
二人矛盾愈益加深。
第三个就是两人在战略眼光上也有矛盾。
当时，永历政权一路被追杀，一路南逃，瞿式耜被杀，他逃到梧州又逃南宁，只得依靠大西军这唯一的一支力量了。
永历帝只能派使臣前往贵州，封孙可望为冀王，但孙“犹不受”。
李定国等劝孙可望仍派杨长知与明谈判，孙虽然表面答应，暗地却派出精兵赴南宁，杀死五大臣，逼迫永历帝改封他为秦王。
后来吧，孙可望派人将永历帝接到贵州安龙所，改名安龙府，答应每年向永历帝送钱粮，以供皇室开销，而永历帝允许孙可望今后的大小战事，可以
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