入建康。司马睿重用的人死的死，降的降，逃亡的逃亡，朝政完全落入王敦之手。元帝本人则几至皇位不保，并在当年忧愤而死。
据正史记载，司马睿在一败涂地之后，根本就不敢以君臣大义谴责王敦，只能一面脱下戎装，一面嘀嘀咕咕地说：想要位子，我回琅邪就是，何必让老百姓受苦？
东晋皇帝之无奈，由此可见一斑。
晋元帝死后，继位的是晋明帝司马绍。明帝和王敦都磨刀霍霍，必欲置对方于死地。最后，王敦之乱因其病逝而告终。他的势力被东晋王朝的政府军剿灭，本人的尸体也被挖出，脑袋还被砍下来挂在浮桥上示众。
王敦岂非不得善终？
当然是。而且按照儒家伦理，他也是不折不扣的乱臣贼子。然而在魏晋，王敦受到的却是由衷的敬佩。