蔡元培、陈其美等同盟会骨干成员入阁，担任农林、教育、工商总长，使同盟会会员在政府中占据多数，内阁也因此被称为“同盟会中心内阁”。唐绍仪勤于公务，注重办事效率，使政府呈现一派新气象。
袁世凯习惯了独揽大权，对唐绍仪推行责任内阁制、“事事咸恪遵约法”自然甚为不满。两人在用人、财政、遵守《临时约法》规定的总理附署权等问题上常有矛盾，裂痕逐渐加深。唐绍仪主张“民国用人，务贵新不贵旧”，拒绝亲袁派内阁内务总长赵秉钧私自安排北洋旧人入阁之事。在筹款方面，唐绍仪拒绝英、美、德、法四国银行团提出的监督中国财政的无理要求，引起了袁世凯和财政总长及四国银行团的合伙攻击。1912年6月初，直隶省议会选举同盟会成员王芝祥为直隶都督，袁世凯不予承认，并将总理附署权抛诸一边，公布另任命令。唐绍仪见《临时约法》已遭到破坏，他“彻悟袁之种种行为，存心欺骗民党”，冷静之后，于6月15日愤而提出辞呈，时任总理不足3个月。
虽然只任内阁总理不到3个月时间，但后来唐绍仪被暗杀的缘由，皆因唐曾经位及高位，政绩出色，影响力甚大而起。
但唐绍仪这个人却是拿得起放得下、逍遥通达之人。不然也不会有上能为总理，下能为县官的美谈。走到哪里，他都是一样的君子作风，穷则独善其身，达则兼济天下。
辞去内阁总理后，唐绍仪寓居上海数年，与他人集资创办了金星人寿保险有限公司，自任董事长，但他一直密切关注着政治舞台。1913年对于袁世凯刺杀宋教仁之事，唐绍仪给予了强烈的谴责，并坚决拒绝袁世凯拉拢其复任北洋军阀政府总理。1915
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